Le microbiote intestinal, microflore intestinale ou encore la flore intestinale, est essentiel à notre organisme. Il joue un rôle dans le bon déroulement de la digestion, influe sur notre système immunitaire, notre humeur et parfois même sur notre réponse face au stress. Il fait, à ce jour, l’objet de nombreuses recherches scientifiques pour comprendre sa multitude d’actions sur notre santé et les conséquences de son déséquilibre (dysbiose intestinale) notamment dans le cadre des MICI (Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin).
Les principaux signes d’un dérèglement du microbiote intestinal sont l’apparition de troubles digestifs (ballonnements, flatulences, diarrhées, constipation, paresse intestinale). Mais rassurez-vous, il existe à ce jour des probiotiques qui ont des bienfaits sur la flore intestinale.
La flore intestinale, c’est quoi exactement ?
La flore intestinale est un ensemble de micro-organismes qui se situent au niveau de nos intestins, une région de notre tube digestif. Ils sont dits « commensaux » : ils vivent en symbiose avec notre corps et sont non pathogènes. Sa composition est très hétérogène :
- Différentes souches/espèces bactériennes
- Virus
- Levures
- Champignons
- Protozoaires
Notre flore intestinale abrite pas moins de 1013 micro-organismes, ce qui correspond à quelque chose près, au nombre de cellules qui constituent notre corps. Elle évolue chez l’enfant en fonction de l’alimentation, l’environnement, l’hygiène, les traitements médicaux, jusqu’à atteindre sa composition quasiment définitive à l’âge adulte. Il est donc essentiel de prendre soin de sa flore intestinale dès la naissance.
Quel est le rôle de la flore intestinale ?
Elle assure plusieurs fonctions indispensables :
- C’est une barrière contre les micro-organismes pathogènes : la bactérie pathogène la plus connue est Escherichia coli. Elle est également majoritaire dans la flore intestinale de l’homme. Seules certaines souches deviennent pathogènes. Dans le cas d’un surnombre d’Escherichia coli dans notre organisme, des troubles digestifs peuvent subvenir. Il est donc important de rétablir l’équilibre entre « bonnes » et « mauvaises » bactéries. Plus le nombre de bactéries bénéfiques sera important, plus l’effet sur la santé sera favorable.
- Elle contribue à un bon transit intestinal, une bonne digestion, une bonne assimilation des nutriments grâce à un ensemble d’enzymes sécrétées.
- Elle régule l’absorption des acides gras, ce qui contribue au maintien du poids.
Pour que la flore intestinale puisse assurer ses différentes fonctions il est important qu’elle soit équilibrée et qu’elle contienne un nombre suffisant de bonnes bactéries. L’hygiène de vie, l’alimentation, l’environnement, la prise d’antibiotiques sont des facteurs qui favorisent son déséquilibre, soit la dysbiose intestinale.
Qu’est-ce qu’un probiotique ?
A l’origine, le terme « probiotique » vient du grec et signifie « en faveur de la vie ». D’après la définition de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), ce sont des « micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont ingérés en quantité suffisante, exercent des effets positifs sur la santé, au-delà des effets nutritionnels traditionnels ».
Au cours d’une dysbiose, ces souches microbiotiques aident à augmenter le nombre de bonnes bactéries et à restaurer l’équilibre entre les bonnes et les mauvaises afin de renforcer temporairement la flore intestinale. Les probiotiques sont alimentés par ce que nous appelons les « prébiotiques », permettant leur prolifération.

Comment restaurer flore intestinale ?
Les aliments à favoriser
De nombreux aliments peuvent aider à restaurer naturellement sa flore intestinale.
- Les produits fermentés : yaourt contenant des ferments lactiques, lait fermenté (kefir), kombucha, choux fermentés ou choucroute.
- Les aliments riches en fibres pour assurer un apport en prébiotiques : les légumineuses, les céréales complètes, les plantes dont on consomme les bulbes (ail, oignon, échalote, poireau)
Les aliments à éviter
Certains aliments permettent de restaurer naturellement sa flore intestinale. Mais il faut faire également attention à certains aliments qui peuvent créer un déséquilibre.
C’est le cas de la consommation d’un trop plein de graisses animales : lors de l’ingestion d’une trop grande quantité de lipides, le microbiote va subir des changements et se réorganiser, ce qui va induire une perméabilité intestinale plus importante et des désagréments digestifs. Ces changements sont, bien entendu, transitoires et la flore intestinale retrouvera sa composition normale au bout de quelques semaines. Il est donc conseillé de limiter les viandes rouges et les charcuteries à 2-3 fois par semaine et de privilégier les volailles, les poissons et les œufs.
Lorsque l’apport de fibres est insuffisant, un excès de sucres et d’édulcorants (comme la saccharine) peut provoquer un déséquilibre de la flore intestinale et favoriser le développement d’un diabète.
Les probiotiques pour la flore intestinale
Prendre des compléments alimentaires riches en probiotiques comme les lactobacilles (Lactobacillus rhamnosus) et des bifidobactéries (Bifidobacterium longum), ou encore des levures (Saccharomyces cerevisiae) permet de rétablir la flore intestinale en la repeuplant avec des bonnes bactéries.
Conseil : après une antibiothérapie et sur avis d’un professionnel de santé, la prise de probiotiques en complément alimentaire peut être recommandée. En cas de pathologies particulières, nous vous invitons à consulter votre médecin.
Améliorer la digestion grâce aux probiotiques
Il existe de nombreuses souches de probiotiques aux actions différentes : certaines agissent sur la flore intestinale, d’autres sur la flore vaginale, la flore respiratoire, ou même celle de la peau.
Afin de vous aider dans le choix de vos probiotiques, voici quelques exemples de souches :
- Lactobacillus rhamnosus : agit sur la prévention des diarrhées liées à la prise d’antibiotiques 1
- Bifidobacterium longum, Lactobacillus helveticus, Lactococcus lactis, Streptococcus thermophilus : agissent sur la prévention du syndrome de l’intestin irritable avec constipation 2
- Lactobacillus gasseri : agit sur le renforcement de la barrière intestinale 3
Les critères de sélection des probiotiques
Pour que les probiotiques soient efficaces et de bonne qualité, certains critères au moment de l’achat sont à prendre en compte :
- Le choix des souches probiotiques : il est important de choisir un probiotique dont les souches sont étudiées, les effets démontrés, et une stabilité assurée dans le temps.
- La gastro-résistance : une fois ingérée, la gélule va devoir résister aux conditions extrêmes de notre tube digestif (acidité de l’estomac, aux enzymes digestives, aux sels biliaires …). Si les bactéries ne résistent pas à ces conditions extrêmes, elles ne seront plus vivantes une fois arrivées dans l’intestin grêle et le colon, et ne pourront donc plus exercer leurs effets bénéfiques.
- Le sérieux du laboratoire : privilégiez des probiotiques dont la traçabilité est établie, avec des entreprises respectant les bonnes pratiques de fabrication.
- Une bonne adhésion du probiotique aux cellules de l’intestin est également primordiale. Un probiotique ne fait que transiter au sein de l’organisme : une bonne adhésion permet d’augmenter le temps de présence des souches dans l’intestin.
Sources :
1 : « Armuzzi et al, 2001 publiée dans « Alimentary and Pharmacology Therapy, 15, 163-169″ Cremonini et al. 2002 publiée dans « American Journal of Gastroenterology, 11, 2744-2749 »
2 : Drouault-Holowacz et al., 2008 publié dans « Gastroentérologie Clinique et Biologique, 32, 147-152″
3 : Alard et al. 2018 publiée dans « » 9(2): 317-331

